高效液相色譜柱的鍵合基質分為矽膠基質、聚合物基質等，其中矽膠基質應用較為廣泛，其特點主要包括以下3方麵：
(1)低pH值，矽膠鍵合鍵容易水解(pH<2);高pH值，矽膠容易溶解(pH>8)。
(2)在接近中性的條件時，矽醇基裸露，顯酸性，不適宜分離堿性化合物。
(3)某些矽膠被一定金屬汙染，這些金屬會引起峰的不對稱或拖尾，甚至化合物的死吸附。
高效液相色譜柱的矽膠基質可分為全多孔矽膠微粒、雜化矽膠顆粒和實心核矽膠顆粒。
1、全多孔矽膠基質：全多孔矽膠，以其全多孔的結構特點具有很高的比表麵積，故具有很高的柱效。其機械強度大的特點可保證填充床長時間在很高的操作壓力下工作，柱效保持穩定，同時剛性、高強度的微粒還使柱子的反壓較低，壽命較長。
2、雜化矽膠顆粒基質：為改善純矽膠基質的不足，雜化矽膠顆粒應運而生，具有高穩定性、耐受pH及高機械強度的特性，能夠改善高pH值條件下矽膠內部水解的問題。
3、實心核矽膠顆粒基質：實心核顆粒，即表麵多孔實心核顆粒，與全多孔矽膠比較，由於顆粒密度大、顆粒大小分布窄，傳質阻抗、渦流擴散降至低，從而柱效較高，峰容易過載，多次進樣後柱壓升高。
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